Parcul National Calimani cuprinde doua categorii de arii naturale protejate: categoria I-a IUCN "Rezervatie Naturala Stricta: arie protejata, administrata în principal în scopuri stiintifice", si a II-a IUCN, “Parc National - arie protejata administrata în special pentru protectia ecosistemelor si pentru recreere”, prezentate la capitolul legat de zonarea interna a parcului. În interiorul zonelor de protectie stricta sau integrala ale parcului au fost incluse Rezervatia peisagistica 12 Apostoli si Rezervatia peisagistica mixta Iezerul Calimaniului.
Rezervatii stiintifice- sunt acele arii naturale protejate al caror scop este protectia si conservarea unor habitate naturale terestre si/sau acvatice, cuprinzând elemente reprezentative de interes stiintific sub aspect floristic, faunistic, geologic, speologic, paleontologic, pedologic sau de alta natura. Marimea rezervatiilor stiintifice este determinata de arealul necesar pentru asigurarea integritatii zonei protejate. Managementul rezervatiilor stiintifice asigura un regim strict de protectie prin care habitatele sunt pastrate într-o stare pe cât posibil neperturbata. În aceste zone se interzice desfasurarea oricaror activitati umane, cu exceptia activitatilor de cercetare, educatie si de ecoturism cu limitarile descrise în planurile de management, cu acordul forului stiintific competent în baza propunerii administratorului rezervatiei stiintifice.
Jnepenis cu Pinus cembra, desemnata ca rezervatie prin Decizia nr. 433/1971 a Comitetului Executiv al Consiliului Judetean Suceava, evidentiata ca atare în Legea nr. 9/1973 privind protectia mediului înconjurator si ulterior, mentionata cu numele de mai sus în Legea nr. 5/2000 privind aprobarea Planului de amenajare a teritoriului national - Sectiunea a III-a - zone protejate. Aceasta are o suprafata de 384,2 ha.
Rezervatii naturale:
- sunt acele arii naturale protejate ale caror scopuri sunt protectia si conservarea unor habitate si specii naturale importante sub aspect floristic, faunistic, forestier, hidrologic, geologic, speologic, paleontologic, pedologic. Rezervatia peisagistica 12 Apostoli, – cunoscuta în literatura ca Rezervatia geologica 12 Apostoli, a fost desemnata ca rezervatie prin Decizia nr. 433/1971 a Comitetului Executiv al Consiliului Judetean Suceava evidentiata în Legea nr. 5/2000, cuprinde complexul de roci eruptive unice prin forma si frumusetea lor formate prin modelare eoliana, dezagregare fizica, eroziunea aglomeratelor. Are o suprafata de 200,00 ha.
Rezervatia peisagistica mixta Iezerul Calimanului, lac de baraj natural, în interiorul unor populatii de jneapan, ienupar pitic si smârdar, cu o suprafata de 322,0 ha. Cele 2 rezervatii au fost incluse în zona de protectie integrala a parcului. Din punct de vedere al managementului, acestea nu îsi schimba regimul, întrucât si pâna la înfiintarea parcului aveau un regim de protectie integrala.